Panduan Praktis Molecular Docking dengan AutoDock 4 dan AutoDockTools: Langkah Demi Langkah

Mohammad Rizki Fadhil Pratama

doi:10.33084/umprpublishing.2

Panduan Praktis Molecular Docking dengan AutoDock 4 dan AutoDockTools: Langkah Demi Langkah

Authors

Mohammad Rizki Fadhil Pratama

Universitas Muhammadiyah Palangkaraya

https://orcid.org/0000-0002-0727-4392

DOI: https://doi.org/10.33084/umprpublishing.2

Keywords:

Molecular docking, AutoDock 4, AutoDockTools

Synopsis

Buku ini memuat panduan singkat bagaimana melakukan proses molecular docking menggunakan salah satu software paling populer untuk melakukan docking: AutoDock 4. Ditambah dukungan dengan AutoDockTools selaku tools paling populer dalam menyiapkan berbagai parameter untuk menunjang proses docking tersebut. Buku ini diharapkan juga dapat memandu para pemula dalam melakukan molecular docking secara mandiri, karena dilengkapi dengan ilustrasi-ilustrasi pendukung yang dapat memudahkan bagi pembaca.

ISBN: 978-623-90078-4-3

References

Cosconati S, Forli S, Perryman AL, Harris R, Goodsell DS, Olson AJ. Virtual Screening with AutoDock: Theory and Practice. Expert Opin Drug Discov. 2010;5(6):597-607. https://doi.org/10.1517/17460441.2010.484460

Forli S, Huey R, Pique ME, Sanner MF, Goodsell DS, Olson AJ. Computational protein-ligand docking and virtual drug screening with the AutoDock suite. Nat Protoc. 2016;11(5):905-19. https://doi.org/10.1038/nprot.2016.051

Morris GM, Huey R, Lindstrom W, Sanner MF, Belew RK, Goodsell DS, et al. AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated docking with selective receptor flexibility. J Comput Chem. 2009;30(16):2785-91. https://doi.org/10.1002/jcc.21256

Pratama MRF, Siswandono S. Number of Runs Variations on Autodock 4 Do Not Have A Significant Effect on RMSD from Docking Results. Pharm Pharmacol. 2020;8(6):476-80. https://doi.org/10.19163/2307-9266-2020-8-6-476-480

Rizvi SMD, Shakil S, Haneef M. A simple click by click protocol to perform docking: AutoDock 4.2 made easy for non-bioinformaticians. EXCLI J. 2013;12:831-57.

Siswandono. Pengembangan Obat Baru. Surabaya; Airlangga University Press: 2014.

Siswandono. Kimia Medisinal I. Surabaya; Airlangga University Press: 2016.

Siswandono. Kimia Medisinal II. Surabaya; Airlangga University Press: 2016.

Siswandono, Soekardjo B. Kimia Medisinal. Surabaya; Airlangga University Press: 2000.

Siswandono, Soekardjo B. Prinsip-prinsip Rancangan Obat. Surabaya; Airlangga University Press: 1998.